引用本文
张怀才, 丁少成, 李佑英. D19S433基因座稀有等位基因4的发现与确认[J]. 刑事技术,2015,40(5): 426-427
ZHANG Huaicai, DING Shaocheng, LI Youying. Discovery and Confirmation of the Rare Allele 4 in the Locus D19S433[J]. Forensic Science and Technology,2015,40(5): 426-427  
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D19S433基因座稀有等位基因4的发现与确认
张怀才, 丁少成, 李佑英
杭州市公安局刑事科学技术研究所,杭州 310004

作者简介： 张怀才（1984—）,男,四川乐山人,主检法医师,本科,研究方向为法医物证检验。 E-mail: 8725673@qq.com

摘要

在检案过程中发现D19S433基因座有一个超出ladder最小范围的稀有基因,分别采用Identifiler Plus及AGCU17+1试剂盒对提取产物进行扩增及电泳分析,经测序确认该等位基因为4。查询STRbase数据库,等位基因4尚未见报道,为新发现的稀有等位基因。本文对确认类似OL基因提供了参考方案。

关键词: 法医遗传学; STR分型; D19S433基因座; off-ladder等位基因; 稀有等位基因
中图分类号:DF795.2 文献标志码:B 文章编号:1008-3650(2015)05-0426-02 doi: 10.16467/j.1008-3650.2015.05.020
Discovery and Confirmation of the Rare Allele 4 in the Locus D19S433
ZHANG Huaicai, DING Shaocheng, LI Youying
Institute of Criminal Science and Technology, Hangzhou Public Security Bureau, Hangzhou 310004, China
Abstract

When an off-ladder (OL) peak was encountered in STR typing, it should be subjected to repeated detection to determine whether it is really a rare allele with the prior exclusion of a drifting one caused by/in amplification or detection. If true, its typing should be confirmed with the drift correction in advance. In case the deviation is too far to get accurate typing, to sequence it is essential for confirmation. Through this strategy, locus D19S433 was discovered to have a rare allele that is smaller than the minimum one in the ladder for control when a case tested. By CSF1P0 and D19S433 having been sequenced, the obtained OL was confirmed as allele 4. Since the minimum allele of D19S433 loci included in the STRbase bank is 5.2, the allele 4, not yet reported before, can be regarded as a newly discovered rare allele. Currently, it has been enclosed in STRbase bank. The validation process for confirming the allele 4 here reported may provide a reference for analysis of similar OL gene.

Keyword: forensic genetics; STR typing; D19S433 locus; off-ladder allele; rare allele

短串联序列重复序列（short tandem repeat, STR）重复单位仅2~6 bp, 其长度多态性来源于重复单位拷贝数的个体差异。PCR-STR分型技术具有高灵敏度、高鉴别能力和标准化自动分型等特征[1]。在STR检测中, 有些样本的某个等位基因因偏离ladder无法命名, 标记为off-ladder（OL）, 通过重复实验可排除扩增及检测过程造成的漂移, 确定稀有基因[2]。稀有基因是由于等位基因突变中核酸的缺失、插入或核苷酸的改变所产生的, 属于微变异[3], 主要有两种类型[4]：一是出现在一个基因座内两个等位基因之间的稀有基因, 此类分型可通过漂移校正计算确定分型; 二是超出基因座ladder范围的稀有基因, 此类分型确定较为复杂, 首先必须确定该稀有基因来源基因座, 对偏离ladder相应基因座最小或者最大等位基因较近的稀有基因, 可以通过漂移校正得到准确分型, 但如果偏离较远, 则常常不能得到准确的分型, 需要测序确认。笔者检案过程中在D19S433基因座发现一个超出ladder最小范围的稀有基因, 经测序检测, 确认该等位基因为4。

1 检验方法

样本为一口腔拭子, 采用Chelex-100法提取DNA, 使用AmpFℓSTR® Identifiler® Plus试剂盒（美国AB公司）和AGCU17+1荧光检测试剂盒（中德美联公司）扩增, 3130XL型遗传分析仪电泳, GeneMapper ID-X v1.4基因分析软件分析。委托中德美联公司对其CSF1PO及D19S433基因座等位基因进行测序检测。

2 结果与讨论
2.1 STR检测结果

Identifiler® Plus试剂盒检测结果见图1, 样本在CSF1PO基因座有两个等位基因, 为9/13; vWA基因座有两个等位基因, 为14/17; 在D19S433基因座中有两个等位基因, 其中一个等位基因为14, 另一个等位基因在该基因座ladder范围之前, 命名为OL, 这两个等位基因峰面积与vWA基因座杂合子等位基因相近, 该样本在D19S433基因座应为杂合子可能性大, 分型为OL/14。

AGCU17+1试剂盒检测结果见图2, CSF1PO基因座内有两个峰, 为等位基因9与OL, 两者峰面积比例悬殊（1:3）, 不符合杂合子表现。且该OL峰峰高为1639, 接近CSF1PO基因座等位基因9（峰高536）与D19S433基因座等位基因14（峰高1044）的峰高之和。在D19S433基因座内, 只有一个等位基因14, 结合Identifiler® Plus试剂盒检测图谱, CSF1PO基因座分型为9/13, 分析该OL峰应为CSF1PO中等位基因13及D19S433基因座另一个等位基因的叠加。

图 1 Identifiler® Plus试剂盒检测结果Fig.1 STR profile using Identifiler® Plus Kit

图 2 AGCU17+1试剂盒检测结果Fig.2 STR profile using AGCU17+1 Kit

2.2 测序结果

测序结果显示, 该样本在CSF1PO基因座的核心序列TATC重复次数为13次, 按命名原则, 将该等位基因命名为13; 在D19S433基因座的核心序列AAGG重复次数为4次, 该等位基因命名为4。 AGCU17+1试剂盒检测中CSF1PO基因座内的OL峰应为CSF1PO基因座等位基因13与D19S433基因座等位基因的叠加。查询STRbase数据库收录的D19S433基因座最小等位基因为5.2, 等位基因4尚未见报道, 应为新发现的稀有基因。目前, 该等位基因信息已被STRbase数据库收录。

综上所述, 在STR分型检测中, 若遇到OL峰, 首先应该通过重复实验的方式排除扩增及检测过程造成的漂移等情况, 然后才能确定为稀有基因。最后根据稀有基因的类型经过漂移校正确定分型, 如果偏离较远, 不能得到准确的分型, 则需要通过测序才能确认。

The authors have declared that no competing interests exist.

参考文献
[1] 任贺, 刘芳, 陈冲, 等. STR分型中无效等位基因的分析研究[J] . 刑事技术, 2014(6): 50. [本文引用:1]
[2] 徐志成, 陈新星, 刘炜彬. 11250个无关个体中罕见等位基因及其频率[J] . 刑事技术, 2011(3): 53. [本文引用:1]
[3] Butler JM. Forensic DNA typing: biology, technology, and genetics of STR markers [M] . Burlington: Elsevier Academic Press, 2005, 477. [本文引用:1]
[4] Crouse CA, Rogers S, Amiott E, et al. Analysis and interpretation of short tand em repeat microvariants and three band ed allele patterns using multiple allele detection systems[J] . J Forensic Sci, 1999, 44(1): 87-94. [本文引用:1]