引用本文
刘胜, 贾菲, 刘锋. 和田地区哈萨克族人群23个STR基因座遗传多态性[J]. 刑事技术,2015,40(5): 422-423
LIU Sheng, JIA Fei, LIU Feng. Genetic Polymorphism of 23 STR Loci of Kazak Population in Hotan Area[J].
Forensic Science and Technology ,2015,40(5): 422-423
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《刑事技术》编辑部
和田地区哈萨克族人群23个STR基因座遗传多态性
刘胜
1 , 贾菲
2 , 刘锋
2, *
1.大连瓦房店市公安局刑侦大队,大连 116300
刘 锋,男,主任法医师,本科,研究方向为法医遗传学。 E-mail:
lndna0121_cn@sina.com
作者简介: 刘 胜(1975—),男,辽宁瓦房店人,主检法医师,本科,研究方向为法医学。 E-mail: 2316949642@qq.com
摘要
调查新疆和田地区哈萨克族人群23个STR基因座的遗传多态性。除D13S317基因座外,其他22个STR基因座的基因分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。23个基因座的TDP达1-4.53×1029 ,CPE达0.999 999 999 804。23个STR基因座在新疆和田地区的哈萨克族人群中有较高的多态性,所得的群体遗传学数据可为该地区的法医学个体识别、亲权鉴定提供基础数据。
关键词 :
法医物证学 ; STR基因座 ; 等位基因频率 ; 遗传多态性 ; 哈萨克族
中图分类号:DF795.2
文献标志码:A
文章编号:1008-3650(2015)05-0422-02
doi: 10.16467/j.1008-3650.2015.05.018
Genetic Polymorphism of 23 STR Loci of Kazak Population in Hotan Area
LIU Sheng
1 , JIA Fei
2 , LIU Feng
2, *
1.Wafangdian Public Security Bureau, Liaoning Dalian 116300, China
2. Forensic Science Division of Liaoning Provincial Public Security Bureau, Shenyang 110032, China
Abstract
The genetic polymorphism of 23 short tandem repeat (STR) loci of 1130 unrelated Kazak individuals in Hotan area of Xinjiang, was investigated with GoldeneyeTM 24A PCR amplification Kit and the population genetics parameters were calculated with PowerStats statistic software. 22 loci were found no deviation from Hardy-Weinberg equilibrium (P>0.05) except D13S317 locus. Matching probability (PM) ranged from 0.0113 to 0.2035 together with the power of discrimination (DP) 0.7965 to 0.9887, polymorphism information content (PIC) 0.5688 to 0.9208, power of exclusion (PE) 0.3355 to 0.8408, heterozygosity (He) 0.6354 to 0.9221. The total discrimination power (TDP) and the combined power of exclusion (CPE) of 23 loci were 1-4.53×1029 and 0.999 999 999 804, respectively. The 23 STR loci were highly polymorphic in Kazak population of Hotan area. The polymorphic information would serve as reference data for forensic personal identification and paternity testing.
Keyword :
forensic biological evidence ; STR loci ; allelic frequencies ; polymorphism ; Kazak population
本文采用GoldeneyeTM 24A基因分型系统(中国基点认知公司)对D13S317、TPOX等23个STR基因座在新疆和田地区哈萨克族人群遗传学数据进行调查分析。选取1130例无关个体血样, 其中, 女性177例, 男性953例。共检出286种等位基因, 等位基因及等位基因频率分布见表1 。经χ 2 检验, 除D13S317基因座(P=0.0030)外, 22个基因座符合Hardy-Weinberg平衡(P> 0.05)。有文献报道少数民族群体STR基因座频率调查发现个别基因座分布偏离Hardy-Weinberg平衡 [1 , 2 ] , 原因可能一是基因分型分析出错, 二是群体出现杂交, 三是群体中某个稀有等位基因纯合子的数目多于杂合子。本例中发生偏离提示可能来自群体杂交, 造成种族不纯, D13S317基因座频率可通过亚种族校正系数来修正[3 , 4 ] 。采用PowerStats 软件(美国Promega公司)分析处理数据, 获得群体遗传学数据(见表2 )。按照郑秀芬[1]的方法, 计算23个STR基因座的累积个体识别能力(total probability of discrimination power, TDP)达1-4.53× 1029 , 累积非父排除率(cumulative power of exclusion, CPE)达0.999 999 999 804。在新疆和田地区哈萨克族群体中有较高法医学个人识别和亲子鉴定应用价值。
表 1
Table 1
表 1(Table 1)
表 1 新疆和田地区哈萨克族23个STR基因座等位基因频率分布(n=1130) Table 1 Allele frequencies of 23 loci of Kazak population in Hotan area, Xinjiang (n=1130) D8S1179 D3S1358 D19S253 D13S317 D2S441 TH01 D21S11 D12S391 A F A F A F A F A F A F A F A F 8 0.0062 12 0.0009 7 0.1735 7 0.0013 9.1 0.0049 6 0.1571 27 0.0071 14 0.0013 9 0.0071 13 0.0013 8 0.0265 8 0.1832 10 0.2593 7 0.2655 28 0.0779 15 0.0097 10 0.0876 14 0.0633 9 0.0115 9 0.1186 11 0.4146 8 0.0996 28.2 0.0022 16 0.0137 11 0.0624 15 0.3566 10 0.0235 10 0.1403 11.3 0.0327 9 0.3053 29 0.2111 17 0.1217 12 0.1248 16 0.2854 11 0.0991 11 0.2336 12 0.0978 9.3 0.1628 29.2 0.0004 17.3 0.0080 13 0.3013 17 0.2084 12 0.3190 12 0.2296 12.3 0.0004 10 0.0097 30 0.3133 18 0.1885 14 0.2027 18 0.0796 13 0.2394 13 0.0668 13 0.027 D7S820 30.2 0.0190 18.3 0.0084 15 0.1376 19 0.0022 14 0.0920 14 0.0257 14 0.1394 A F 31 0.1173 19 0.2146 16 0.0606 20 0.0022 15 0.0155 15 0.0009 15 0.0221 7 0.0080 31.2 0.0695 19.3 0.0066 17 0.0062 CSF1PO vWA D16S539 16 0.0018 8 0.2363 32 0.0164 20 0.1823 18 0.0035 A F A F A F D10S1248 9 0.0956 32.2 0.1248 20.3 0.0004 D2S1338 7 0.0009 12 0.0004 8 0.0168 A F 9.1 0.0004 33 0.0031 21 0.0819 A F 8 0.0035 13 0.0044 9 0.2212 8 0.0013 9.3 0.0040 33.1 0.0018 22 0.0796 16 0.008 9 0.0363 14 0.1257 10 0.1301 10 0.0004 10 0.2071 33.2 0.0336 23 0.0518 17 0.0929 10 0.2549 15 0.0628 11 0.235 11 0.0075 10.1 0.0004 34.2 0.0022 24 0.0155 18 0.1097 11 0.2867 16 0.2071 12 0.2341 12 0.0478 11 0.2301 35.2 0.0004 25 0.0128 19 0.1929 12 0.3341 17 0.2876 13 0.1376 13 0.3195 11.1 0.0004 Penta_E 26 0.0013 20 0.1336 13 0.0633 18 0.2044 14 0.0248 14 0.2332 12 0.1779 A F 27 0.0018 21 0.019 14 0.0181 19 0.0947 15 0.0004 15 0.2257 13 0.035 5 0.0434 FGA 22 0.0504 15 0.0022 20 0.0124 D18S51 16 0.1314 14 0.0044 7 0.0593 A F 23 0.1588 D5S818 21 0.0004 A F 17 0.0310 15 0.0004 8 0.0128 16 0.0004 24 0.1075 A F D6S1043 7 0.0004 18 0.0022 D1S1656 9 0.0071 17 0.0004 25 0.1018 7 0.0243 A F 9 0.0004 D19S433 A F 10 0.0704 18 0.0142 26 0.0146 8 0.0035 8 0.0009 10 0.0022 A F 10 0.0004 11 0.1000 19 0.0394 27 0.0049 9 0.0619 9 0.0004 11 0.0044 9 0.0004 11 0.0695 12 0.0850 20 0.0681 28 0.0058 10 0.1084 10 0.0208 12 0.054 11 0.0049 12 0.0783 13 0.0681 20.2 0.0018 Penta_D 11 0.3854 11 0.1889 13 0.1735 12 0.0460 13 0.0721 14 0.0712 21 0.1124 A F 12 0.2739 12 0.1575 14 0.2279 12.2 0.0066 14 0.0739 15 0.0969 21.2 0.004 6 0.0252 13 0.1283 13 0.0973 15 0.1372 13 0.2398 14.3 0.0004 16 0.0951 22 0.1336 7 0.0088 14 0.0128 14 0.1102 16 0.1327 13.2 0.0381 15 0.2389 17 0.1013 22.2 0.0049 8 0.0181 15 0.0013 15 0.0137 17 0.0765 14 0.2832 15.3 0.0111 18 0.0704 23 0.1925 9 0.2496 TPOX 16 0.0027 18 0.0491 14.2 0.0903 16 0.2398 18.4 0.0004 23.2 0.0093 10 0.1345 A F 17 0.0389 19 0.0628 15 0.1053 16.3 0.0204 19 0.0376 24 0.2195 11 0.1912 6 0.0004 18 0.1518 20 0.0314 15.2 0.1301 17 0.069 20 0.0208 24.2 0.0044 12 0.1628 8 0.5270 19 0.1323 21 0.0204 16 0.0181 17.3 0.073 21 0.0257 25 0.1217 13 0.1389 9 0.1279 20 0.0628 22 0.0159 16.2 0.0257 18 0.0058 22 0.0221 25.2 0.0022 14 0.0491 10 0.0376 21 0.0102 23 0.0062 17 0.0044 18.3 0.0385 23 0.0066 26 0.0535 15 0.0168 11 0.2801 21.3 0.0097 24 0.0044 17.2 0.0058 19 0.0004 24 0.0040 27 0.0142 16 0.0040 12 0.0239 22 0.0018 25 0.0004 18.2 0.0013 19.3 0.0084 25 0.0013 28 0.0027 17 0.0009 13 0.0031 26 0.0004 29 0.0009
表 1 新疆和田地区哈萨克族23个STR基因座等位基因频率分布(n=1130) Table 1 Allele frequencies of 23 loci of Kazak population in Hotan area, Xinjiang (n=1130)
表 2
Table 2
表 2(Table 2)
表 2 23个STR基因座在新疆和田地区哈萨克族人群中的群体遗传学指标(n=1130) Table 2 The population genetic parameters of 23 loci of Kazak population in Hotan area, Xinjiang (n=1130) 基因座 N Pm DP PIC PE He 基因座 N Pm DP PIC PE He D1S1656 16 0.0394 0.9606 0.8363 0.6801 0.8425 D18S51 18 0.0329 0.9671 0.8507 0.7362 0.8708 D2S1338 13 0.0295 0.9705 0.8608 0.7185 0.8619 D19S253 9 0.0728 0.9272 0.7619 0.5974 0.7991 D2S441 10 0.1124 0.8876 0.6910 0.4477 0.7124 D19S433 15 0.0535 0.9465 0.7998 0.6323 0.8177 D3S1358 9 0.1130 0.8870 0.6934 0.4778 0.7310 D21S11 16 0.0595 0.9405 0.7933 0.6458 0.8248 D5S818 9 0.1018 0.8982 0.7060 0.4705 0.7265 CSF1PO 9 0.1183 0.8817 0.6891 0.5000 0.7442 D6S1043 16 0.0298 0.9702 0.8574 0.7045 0.8549 TH01 6 0.0858 0.9142 0.7396 0.5618 0.7796 D7S820 13 0.0668 0.9332 0.7776 0.6073 0.8044 TPOX 7 0.2035 0.7965 0.5688 0.3355 0.6354 D8S1179 11 0.0566 0.9434 0.7958 0.6172 0.8097 Penta D 12 0.0481 0.9519 0.8124 0.6239 0.8133 D10S1248 10 0.0892 0.9108 0.7364 0.5779 0.7885 Penta E 22 0.0113 0.9887 0.9208 0.8408 0.9221 D12S391 18 0.0385 0.9615 0.8372 0.6957 0.8504 vWA 10 0.0676 0.9324 0.7760 0.5958 0.7982 D13S317 9 0.0560 0.9440 0.7954 0.5746 0.7867 FGA 20 0.0353 0.9647 0.8447 0.6975 0.8513 D16S539 8 0.0680 0.9320 0.7751 0.6023 0.8018
注:N为等位基因数
表 2 23个STR基因座在新疆和田地区哈萨克族人群中的群体遗传学指标(n=1130) Table 2 The population genetic parameters of 23 loci of Kazak population in Hotan area, Xinjiang (n=1130)
The authors have declared that no competing interests exist.
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姜成涛 , 叶健 , 赵兴春 , 等 . 复合扩增18个基因座的初步研究 [J] . 刑事技术 , 2007 (5 ): 7 -8 .
目的 建立五色荧光18个基因座的复合扩增检验体系.方法 设计、合成引物,通过调整引物浓度和复合扩增条件,建立起五色荧光复合扩增体系,包含Amelogen、D6S1043、D21S11、D7S820、CSF1PO、D2S1338、D3S1358、D13S317、D8S1179、D16S539、PentaE、TH01、TPOX、PentaD共计18个基因座.结果 该复合扩增系统检验结果稳定,分型准确.结论 五色荧光18个基因座复合扩增系统构建成功.
... 有文献报道少数民族群体STR基因座频率调查发现个别基因座分布偏离Hardy-Weinberg平衡 [1 ,2 ] ,原因可能一是基因分型分析出错,二是群体出现杂交,三是群体中某个稀有等位基因纯合子的数目多于杂合子 ...
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... 有文献报道少数民族群体STR基因座频率调查发现个别基因座分布偏离Hardy-Weinberg平衡 [1 ,2 ] ,原因可能一是基因分型分析出错,二是群体出现杂交,三是群体中某个稀有等位基因纯合子的数目多于杂合子 ...
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侯巧芳 , 高放 , 桂宏胜 , 等 . 达斡尔民族X染色体遗传多态性与亲缘的关系 [J] . 第四军医大学学报 , 2007 , 28 (11 ): 1045 -1048 .
目的:研究达斡尔民族X染色体遗传结构与亲属关系. 方法: 选择9个X-STR(DXS6804,DXS7133,DXS101, DXS6789,DXS6799,DXS7423,HPRTB,DXS8378,DXS7132),分析其多态性分布及与其他群体间的遗传距离和聚类关系. 结果:研究群体中共检出51种等位基因,频率分布在0.0161~0.6935;基因型频率、杂合度、个体识别率、多态性信息量等群体遗传学指标分析显示,9个STR位点可用于群体遗传学研究和法医学应用;聚类分析和系统进化关系分析发现达斡尔和鄂伦春族有较近的遗传距离. 结论:此9个X-STR位点具有较高的个体识别率和多态性信息量,可用于群体遗传学研究、法医学应用和疾病连锁分析.
... 本例中发生偏离提示可能来自群体杂交,造成种族不纯,D13S317基因座频率可通过亚种族校正系数来修正 [3 ,4 ] ...
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